Le origini di Pertosa non hanno documentazione certa.
Il nome dovrebbe derivare dal termine dialettale arcaico "petrusu", in riferimento all'apertura delle grotte dell'Angelo, mentre da un punto di vista storico, le radici del paese si ritroverebbero nell'antico insediamento di "Consinum".
In effetti, i ritrovamenti di ruderi di case e templi, nell'area compresa tra le rive del fiume Tanagro e l'antica statale delle Calabrie, testimoniano proprio l'esistenza di un centro abitato denominato "Consinum", da cui, in seguito all'incalzare delle incursioni saracene, partirono i primi abitanti di quello che è l'odierno territorio di Pertosa.
Intorno al XI secolo, nel comprensorio di Pertosa, i Benedettini costruirono il monastero e la Chiesa di Santa Maria, favorendo un lungo periodo di sviluppo e di benessere, interrottosi, nella prima metà del XIV secolo, a causa di un violento terremoto che rase al suolo l'intero paese, provocando la morte di quasi tutti gli abitanti: i terreni e le proprietà dell'Abbazia vennero concessi in enfiteusi ad alcuni residenti dei vicini centri di Caggiano ed Auletta.
Due secoli dopo, i contadini dei paesi limitrofi ricominciarono a stabilirsi nelle terre di Pertosa, avviandone la rinascita. In particolare, i Benedettini, che ritornarono a Pertosa verso la metà del XVI secolo, ricostruirono il monastero ed intrapresero una lunga diatriba per il riconoscimento dell'antico feudo.
Nel 1830, con le operazioni di confinamento delle terre, Pertosa ottenne l'autonomia amministrativa da Caggiano.